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과민성 장증후군의 원인으로는 장운동 장애와 같은 기능적 원인이 있기도 하지만 정신적인 스트레스도 상당히 중요한 요인으로 작용하여 정신적으로 안정되면 증상이 완화되는 것을 볼 수 있습니다. 또한 특정 음식을 먹었을 때 증세가 악화되는 것과 같이 식품에 의한 원인도 있을 수 있는데 이럴 때는 환자의 식습관을 잘 지켜보아야 원인이 되는 식품을 알아낼 수 있습니다. 대표적인 장관 자극제로는 고지방식, 카페인, 알코올, 유당, 당알코올(솔비톨 등), 소화되지 않는 올리고당, 유기산 등을 들 수 있습니다.
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